Parece que é algo específico para a AMI da qual você está carregando sua instância do EC2. A maioria dos AMI usa root como configuração padrão do usuário, mas depende de como a instância da AMI. Na maioria dos casos, isso é simplesmente root e deixa você criar usuários adicionais. Por exemplo, tenho raiz instalada na AMI e tenho a chave SSH instalada na inicialização e, em seguida, permito que outros usuários sejam configurados via Puppet. Se você construiu sua AMI com SSH configurada para não permitir login de root, obviamente você precisaria de um usuário alternativo para ser configurado, assim você poderia logar com sucesso.