Esta é uma avaliação de risco, não uma administração profissional de sistemas. Há, sem dúvida, um componente técnico para esta decisão, mas é fundamentalmente uma decisão de negócios (e dólares e centavos).
Eu acho que é sensato planejar os dois cenários se ele puder ser tratado de maneira econômica. O segundo cenário parece muito mais provável do que o primeiro, mas ambos são plausíveis.
Se fosse eu, faria lobby por backups externos completamente removidos da Amazon. Um terceiro cenário, talvez mais provável do que os seus dois primeiros, pode envolver a relação comercial entre a sua empresa e a Amazon ficar azeda. Embora existam certamente soluções jurídicas nessa situação, seria vantajoso para você continuar as operações comerciais com outro provedor de hospedagem enquanto as coisas acontecem com a Amazon. Para esse fim, ter backups (no mínimo) acessíveis sem o envolvimento da Amazon parece prudente.
(Eu até diria que provavelmente vale a pena fazer uma avaliação de girar o aplicativo inteiro em outro host. Se as coisas correrem mal com a Amazon, ter backups é bom, mas seria melhor ainda se você pudesse continuar executando o seu Isso pode ser complicado, dependendo de quão profundamente integrado é o seu aplicativo para a plataforma da Amazon, mas pelo menos vale a pena discutir.)