Você não pode observar o que está acontecendo sem influenciar o objeto sendo observado em algum grau: -)
Mas o efeito é mínimo. Caso contrário, você teria muitas pessoas reclamando sobre o quão inútil é o monitor de desempenho quando praticamente usado em campo.
Edit: Quanto mais contadores você usa, mais sobrecarga é aplicada (a partir de este link ). Minhas experiências são que a sobrecarga é geralmente insignificante ... se perfmon em uso normal pode matar o seu sistema, você está correndo na borda dos problemas de qualquer maneira.