Se no cliente Windows, eu também segure a opção WinSCP, pois é muito fácil de configurar. Às vezes, essa etapa extra de copiar arquivos usando outro aplicativo é demais para os usuários. Se você quiser algo com uma sensação mais nativa, poderá compartilhar o sistema de arquivos linux com o WebDAV e montar o compartilhamento DAV a partir de uma caixa do Windows como uma letra de unidade.
2 advertências: 1-Você perde permissões individuais, porque tudo através do WebDAV será escrito como o servidor web. Você ainda pode exigir logins individuais para obter acesso a ele, mas todos os arquivos pertencerão ao servidor da Web. 2-Se você estiver trabalhando com arquivos PHP (ou alguma outra coisa sobre a qual o servidor web saiba algo especial) é um desafio, porque ao baixar um arquivo PHP, o servidor web ainda o processa e tudo que você obtém é a página HTML renderizada, não o fonte.
É possível compartilhá-lo com o NFS e montar o compartilhamento NFS no Windows. No entanto, não estou familiarizado com esse processo e, por último, sabia que era necessário instalar software adicional na caixa do Windows.
Editar: parece que com a oferta padrão DAV do Windows, ele aparece como um "local de rede", não uma letra de unidade. Portanto, ainda é nativa do windows look-n-feel, mas seria como clicar em "Meus Documentos" em vez de "c: \ Documents and Setting \ Blahblahblah"