A pasta Wine está oculta por padrão. Para acessá-lo, abra sua pasta Home e pressione Ctrl + H . Isso mostrará todas as pastas ocultas. Abra .wine e vá para a pasta drive_c . Mova o exe lá.
Se o arquivo .exe for de uma partição do Windows, você deve primeiro montar a partição para poder acessar os arquivos.