Primeiro, uma amostragem periódica só lhe dará informações muito vagas, de pouco valor, a menos que mostre leituras muito altas, o que não é seu. Quanto a que carga de CPU é aceitável, não é fácil responder porque você precisa examinar tanto as cargas instantâneas quanto as de longo prazo.
Embora isso varie entre marcas e modelos de CPU em geral, você não deseja sustentar cargas maiores que 50% por longos períodos. Muito simplesmente, as CPUs não são projetadas para lidar bem com isso e o calor resultante dentro do próprio chip será problemático. Existe um limite para quão eficientemente esse calor pode ser transferido para qualquer dissipador de calor que você tenha, então simplesmente adicionar mais resfriamento não vai necessariamente resolver o problema para um chip altamente desgastado. Por essa razão, é importante monitorar também a temperatura da CPU, pois ela é muito mais significativa do que a carga em si. Consulte as especificações do fabricante para determinar o que é bom, ruim ou feio.
Sugiro que você encurte o tempo de amostragem, tanto quanto possível, pelo menos enquanto estiver estabelecendo uma linha de base, pois isso lhe dará uma maior precisão. Se você não vê e carrega significativamente mais de 50%, eu realmente não acho que você tenha um problema. Lembre-se de que picos curtos, mesmo até 100%, não são um problema, desde que a média seja baixa o suficiente para permitir que o calor escape.