De alguma forma, o IE não pode ser o navegador padrão, ou pelo menos não completamente . Quando você clica no link da Administração Central do SharePoint, ele executa este comando:
"C:\Program Files\Common Files\Microsoft Shared\Web Server Extensions\BIN\psconfigui.exe" -cmd showcentraladmin
Isso inicia o que deveria ser o navegador padrão.
Você já tentou definir o Firefox como o navegador padrão, depois fechá-lo e reiniciar o IE para definir isso como o navegador padrão? Talvez você precise desinstalar o Firefox, redefinir o IE como navegador padrão novamente e verificar os trabalhos de atalho do Central Admin. Ou qualquer combinação dessas coisas ...
No pior caso, você pode precisar escolher o botão Redefinir na guia Avançado do IE (supondo que você esteja executando uma versão recente que tenha isso).