Primeiro, um esclarecimento: não há subdomínios na maneira como você está usando - apenas domínios. Ou melhor, você pode dizer que qualquer domínio que você possui é um subdomínio. O domínio raiz é ".". O TLD "com". é um "subdomínio" de "." "example.com" é um subdomínio de "com". ... Um subdomínio é um domínio definido dentro de outro domínio. mas isso é relativo, não um atributo absoluto.
Os certificados de wild card são mais expansivos não porque sejam diferentes de um domínio, mas devido à sua exposição e às chances de serem comprometidos. Você não está pagando ao SSL CA o "preço" do certificado, mas um seguro limitado. Este seguro cobre apenas se a violação for causada pelo mau uso do seu certificado e sua cadeia pela CA.
Se você tiver apenas alguns subdomínios, será mais barato comprar um certificado para vários domínios (certificados que usam o Nome alternativo do assunto). Se você tem muitos subdomínios de um domínio ou espera adicionar um número desconhecido de subdomínios, é melhor comprar um certificado curinga. Se você tiver domínios diferentes (example1.com, example2.com, example1.us), poderá usar somente certificados SAN ou comprar um certificado curinga para cada domínio. (Por exemplo, você não pode comprar um certificado curinga para * .com).
Usar certificado SAN ou curinga pode diminuir a segurança da sua configuração, pois forçará você a usar o mesmo ouvinte e provavelmente usará o mesmo usuário (você pode executar com usuários diferentes com algo como mod_suexec para o apache). Portanto, se um site for comprometido, poderá levar os outros sites a ficarem comprometidos. Se você tiver certificados diferentes, poderá executar esses aplicativos como usuários diferentes e ter mais segurança.