O Du by Sysinternals pode ser o que você está procurando. É livre da Microsoft, e é basicamente uma versão rudimentar do * ix du. Ele lida com junções e permissões negadas, informando que o arquivo não existe.
Du v1.34 - report directory disk usage
Copyright (C) 2005-2009 Mark Russinovich
Sysinternals - www.sysinternals.com
usage: du [[-v] [-l <levels>] | [-n]] [-q] <directory>
-l Specify subdirectory depth of information (default is all levels)
-n Do not recurse.
-q Quiet (no banner).
-u Count only unique file occurences.
-v Show size (in KB) of intermediate directories.
c:\sysinternals>du c:\sysinternals
Du v1.34 - report directory disk usage
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Files: 101
Directories: 0
Size: 32,798,999 bytes
Size on disk: 32,798,999 bytes