Sim, você tem duas instalações do Apache no seu VPS.
Você tem o Apache instalado a partir dos repositórios do Ubuntu, instalado em /usr
Você tem o Apache instalado a partir da fonte instalada em /usr/local/apache2
Agora, você afirmou em um comentário que tentou desinstalar o apache antes de reinstalá-lo da origem. Parece que a desinstalação não foi concluída corretamente.
O que fazer sobre isso ...
Opção A: Apenas use o apache dos repositórios:
- Pare o apache que você criou a partir da fonte.
sudo /usr/local/sbin/apache2/apachectl stop
. - Use o apache instalado nos repositórios. Inicie ou, se já estiver em execução, reinicie-o: %código%
- A menos que você tenha criado scripts de init ao criar a partir do código-fonte, poderá ignorar com segurança a instalação a partir do código-fonte - apenas não inicie-o manualmente novamente e estará tudo bem.
Opção B: basta usar o apache que você criou a partir da fonte
- Pare o repositório fornecido o apache. %código%
- Remova o apache dos repositórios. %código%
- Iniciar (ou reiniciar) o apache que você criou. %código%