Tenho notado que esse tipo de desfoque de ícone acontece quando um aplicativo abre um diálogo ou uma janela para algo.
Você pode tentar fazer versões 192x192 e 256x256 no Gimp clicando em Imagem > Escala, isso pode ajudar.
Isso pode soar um pouco estranho, mas tente excluir todos os tamanhos de ícone do aplicativo, exceto o dimensionável. Eu fiz um ícone inteiro com apenas ícones escaláveis (no formato PNG). Eles têm um tamanho normal e muito grande, mas quando muito pequenos (como 16x16) eles não são claros.
Eu queria colocar isso como um comentário, porque eu não tenho 100% de certeza sobre isso, mas teria sido muito longo. Mas se funcionar, legal:)