Isso é muito fácil no IIS 7.5
Como um "Web Site", simplesmente, é apenas um espaço reservado com pelo menos um mapeamento de ponto de extremidade (uma Binding ) e um ou mais aplicativos.
Crie um site (ou modifique as configurações do site padrão). Ao expandir o site no Gerenciador do IIS, você verá uma árvore de subdiretórios, ou seja, os subdiretórios no diretório físico para o qual o aplicativo raiz do seu site aponta.
Clique com o botão direito do mouse no subdiretório no qual deseja hospedar outro aplicativo (por exemplo, "Comunidade") e selecione Converter em aplicativo . Agora você poderá configurar um pool de aplicativos alternativo para veicular o conteúdo e poderá configurar o aplicativo individualmente, independentemente de (quase) qualquer configuração de recurso em seu aplicativo raiz.
Para uma explicação mais detalhada, visite o blog de Mike Volodarsky , ele projetou a arquitetura de aplicativos do IIS 7, então se alguém, ele sabe o que é o que: -)