Eu não acredito que a Exchange esteja fazendo o que você diz. Uma vez que o Exchange entregou a mensagem localmente, é isso - não há motivo para enviar o email para outro lugar porque ele atingiu seu destino final. É como dar uma carta que você recebe no post para outra pessoa quando a lê - você simplesmente não faz isso.
Pode ser um erro transitório no seu servidor Exchange que está fazendo com que os servidores de email remotos escolham um registro MX de preferência mais alta. Se você me perdoar de citar a Wikipedia por um momento, isso resume muito bem.
It is not specific about what should cause the sender to use a higher-preference MX record, merely that the sender must be able to use higher-preference MX records. Some servers (such as Sendmail and Postfix 2.1 or later) will attempt the next-furthest MX server after some types of temporary delivery failures, such as greeting failures. Other servers (such as qmail and Postfix 2.0 or earlier) will only use more distant MX records if the servers specified in the shortest-distance MX records could not be contacted at all.
-- Wikipedia MX Record article
Antes de remover este segundo registro MX, você pode apenas querer verificar se ele não está funcionando ao contrário do que você pensa. Em meu antigo local, tínhamos nosso servidor Exchange como preferência MX 10 e um sistema emergencial baseado em nuvem na preferência 20. Esse sistema em nuvem aceitaria nossos e-mails quando o servidor Exchange estivesse inoperante e os entregaria quando estivesse em backup (para fornecer um muito visão geral de alto nível, o que mais fez não é relevante aqui).
Eu também estou confuso com o seu comentário. Você diz que eles estão desaparecendo, mas você diz que não está desaparecendo. O que está acontecendo com isso, então, se você não se importa de elaborar? Você talvez esteja vendo um problema que não está lá, e esse segundo registro MX é apenas um arenque vermelho?
tl; dr
Se o segundo registro MX não tiver nada a ver com sua infra-estrutura de e-mail, não será necessário estar presente e você deverá removê-lo. Os registros MX de todas as preferências devem ser capazes (mesmo que não imediatamente) de entregar a mensagem ao destinatário com sucesso.