Não há problema em ter 2 servidores DHCP. Na verdade, isso dá alguma redundância no caso de um deles cair. Só precisa ser configurado corretamente. Certifique-se de que ambos tenham um intervalo de endereços diferente para distribuir e as mesmas reservas criadas em cada um deles.
Claro, se você não precisa ou quer a redundância e tempo de atividade, basta desligar um deles. Essa é provavelmente a coisa mais fácil de fazer.