O Apache não precisará procurar um arquivo .htaccess toda vez que acessar um arquivo. O benefício de desempenho real dependerá,
- tráfego para seu site
- layout do site
- perfil do servidor
Sugiro que você baseie o desempenho existente, usando uma ferramenta de estresse da Web, como ab
do Apache, faça a alteração, refaça o perfil e veja o impacto que ela tem.
Quanto à sua segunda pergunta, sim, acredito que você moveria o material do .htaccess para <Directory>
seções no seu <VirtualHost>
.