O desempenho dos volumes do EBS pode ser afetado por coisas como:
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Os novos volumes do EBS têm uma penalidade de primeiro uso, mesmo que sejam criados a partir de um instantâneo do EBS. A primeira vez que você ler ou gravar em cada bloco no volume levará muito mais tempo do que os hits subsequentes.
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Quando um instantâneo do EBS tiver sido iniciado, o volume do EBS poderá apresentar um alto iowait quando você tentar gravar em um bloco que ainda não tenha sido copiado para o armazenamento de instantâneo do S3.
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Os volumes do EBS usam a largura de banda da rede na instância. Você pode obter melhor desempenho de IO e reduzir o iowait da CPU se fizer upgrade para um tipo de instância maior.
Aqui está um artigo que eu escrevi sobre o carregamento lento de volumes do EBS a partir de snapshots:
Identifying When a New EBS Volume Has Completed Initialization From an EBS Snapshot
http://alestic.com/2010/03/ebs-volume-initialization-from-snapshot
Aqui está um artigo que escrevi descrevendo porque tivemos que mover nossos snapshots do EBS para um banco de dados escravo ao invés de executá-los no master:
EBS Snapshots of a MySQL Slave Database on EC2
http://alestic.com/2009/08/ec2-mysql-slave-snapshot