Você pode ir para Opções > Assistente de Limpeza do Servidor, na janela do WSUS, e limpar atualizações e revisões de atualização não utilizadas, computadores que não entraram em contato com o servidor, arquivos de atualização não solicitados, atualizações expiradas e atualizações substituídas. Eu faço isso aprox. uma vez por semana, às vezes com menos frequência.