Os serviços DC consumiriam um pouco de RAM e praticamente nenhum recurso da CPU, desde que você não tenha atualizações excessivas do AD ou solicitações de autenticação de usuário para esse DC, portanto, no desempenho, você provavelmente não notará qualquer diferença.
Pode haver implicações de segurança, no entanto. Um serviço de banco de dados é, presumivelmente, executado em algum contexto privilegiado, como o LocalSystem, que permitiria ao invasor ter acesso total a todo o seu AD, caso conseguisse invadir o serviço de banco de dados. Pode haver casos em que isso não seja uma preocupação, mas principalmente deve ser.