Você pode compilar e instalar manualmente apenas a extensão mcrypt. Isto é o que eu fiz no meu CentOS 5.6 VPS:
Primeiro, instale alguns pacotes obrigatórios:
yum install php53-devel libmcrypt-devel gcc gcc-c++
Então baixe o código fonte do php 5.3.6 do php.net e descompacte-o:
wget http://mx2.php.net/get/php-5.3.6.tar.bz2/from/us3.php.net/mirror
tar xvjf php-5.3.6.tar.bz2
(Por favor, note que o link de download vai mudar a cada lançamento do PHP subseqüente.)
Vá para o diretório com o código-fonte da extensão mcrypt e compile:
cd php-5.3.6/ext/mcrypt/
phpize
aclocal
./configure
make
Em seguida, instale:
make install
Crie o arquivo de configuração para o PHP /etc/php.d/mcrypt.ini contendo:
extension=mcrypt.so
Reinicie o apache:
/etc/init.d/httpd restart
Crie um arquivo com phpinfo apenas para verificar se a extensão foi carregada:
<?php
phpinfo();
?>