Em um nível técnico, os certificados são os mesmos. No contexto da sua pergunta, isso se resume a duas preocupações, Raiz Confiável e Reputação.
Você deseja que seu assinante de certificado esteja na lista de autoridades de certificação Raiz Confiável em todas as principais plataformas: Windows / IE, Firefox etc. Isso significa que seu cliente e seus clientes não precisarão instalar um certificado raiz ou intermediário confiável para obter uma conexão SSL. A propósito, o GoDaddy está na lista de autoridades de certificação Raiz Confiável no Windows / IE & Raposa de fogo. Pode haver outras empresas SSL com desconto por aí que não estejam na raiz confiável.
A parte da reputação é mais um assunto delicado. Quanto vale a pena que quando alguém vê o seu certificado é assinado por Thawte ou assinado pela Verisign ? Só você pode julgar o fator de percepção aqui.