Se você já usa uma tecnologia de monitoramento específica, você deve mencioná-la.
Mas, em geral, você pode colocar as seguintes diretivas em cada bloco de virtualhost para registrar esse host virtual separadamente e, em seguida, apenas analisar os logs com o que você usa:
ErrorLog /var/log/httpd/foo_vhost-error_log common
CustomLog /var/log/httpd/foo_vhost-access_log common
Em seguida, basta ajustar a rotação do log se você precisar. Então, se você tivesse logs diários, você poderia fazer algo muito simples para obter os hits como looping nos logs e chamar wc -l
em cada um deles.