They recommended that when running in a complete virtualized platform there is no real reason to virtualize at application layer
Este é um conselho potencialmente perigoso. O clustering do Hyper-V permite alta disponibilidade no caso de uma falha de hardware - isso é tudo.
O cluster de convidados permite alta disponibilidade no nível do sistema operacional no caso de um BSOD, falha no Windows Update, falha do aplicativo ou qualquer outro modo de falha que não esteja relacionado ao hardware. Ele também permite corrigir esses sistemas e aplicativos sem incorrer em tempo de inatividade do aplicativo, o que pode ser importante para algo como uma instalação do Dynamics.
Existem muitas configurações nas quais não faz sentido adicionar clusters no convidado ao usar clustering no nível do hipervisor, porque você está OK restaurando a partir do backup no caso de uma falha do SO, mas dizer que é nunca necessário porque o armazenamento em cluster é feito no hypervisor é um conselho incompleto na melhor das hipóteses. Eles são mais eficazes quando usados em conjunto.