Essa é exatamente a maneira como lidei com meus backups do Ubuntu, tenho uma imagem do servidor que atualizo depois de quaisquer alterações importantes e uso o Bacula para fazer backup dos arquivos de dados, dependendo do tipo de servidor que ele é. Meu tempo de restauração usando esse método é de aproximadamente duas horas.
Mas realmente depende de quais são suas capacidades e quais são suas necessidades. Idealmente, você não apenas faria o backup dos dados separadamente para que pudesse restaurar os arquivos, mas também executaria backups e snapshots completos do servidor para restaurações rápidas de todo o servidor.