Tudo bem, eu deveria ter feito isso para começar:
FTPHOST="domain.com"
FTPUSER="xxxxxx"
FTPPASS="xxxxxxxxx"
MEDIAFILE=/path/to/something.enc
if [ -r $MEDIAFILE ]
# File seems to exist and is readable
then
ftp -n $FTPHOST <<END_SCRIPT
quote USER $FTPUSER
quote PASS $FTPPASS
cd backups
bin
put $MEDIAFILE something.enc
quit
END_SCRIPT
fi
Eu adicionei o nome do arquivo remoto para colocar, e o comando bin - testado e funciona - espero que ajude.
Edit: Devo explicar - o comando put assumirá que o caminho remoto é o mesmo que o caminho local se um caminho remoto não for especificado (segundo parâmetro) - assim, sem o caminho remoto, o arquivo não foi encontrado no caminho servidor remoto.