Publicando isso como uma resposta.
Foi um problema de permissões de arquivo. Você precisa garantir que o usuário mysql
tenha acesso ao datadir mysqir e ao diretório em que está, até o diretório do nível raiz.
Se vários usuários precisarem de acesso a esses diretórios, coloque-os em um grupo e, em seguida, conceda a esse grupo acesso a esses diretórios.