A única complicação séria pode vir de multicore (ie 2 ou mais) para single core. O Windows 2000, XP e 2003 (não tenho certeza sobre o Vista, 2008 ou 7) usaram um kernel diferente para multicore do que para o single core. Dito isto, provavelmente será apenas algum tipo de penalidade de desempenho, ao invés de coisas explodirem todo o caminho.
Eu verificaria se todos os aplicativos críticos também não tinham a afinidade do processador - isso poderia arruinar seu dia. veja aqui: link ou link
Editar: o mesmo será verdadeiro para o Linux, no entanto, o problema central do SMP é simplesmente um problema de desempenho, e não de ponto final. linux, por outro lado, é muito mais fácil definir a afinidade do processador permanentemente. veja link