Eu sugeriria usar o TrueCrypt. Você criaria um grande arquivo "contêiner" no disco rígido externo. Este arquivo é, na verdade, uma imagem de disco rígido criptografada que pode ser montada em / mnt / (por exemplo).
Para fazer backup, você desmontaria o volume TrueCrypt e, em seguida, faria o backup do arquivo contêiner.
TrueCrypt é muito robusto. Nós usamos isso há anos em sistemas de arquivos muito grandes. Você também pode usar seu programa de linha de comando para criar scripts também.