A regra geral é: Nada é criptografado, a menos que você saiba que o mecanismo está criptografado.
O tráfego de autenticação em ambientes AD (kerberos, etc.) é sempre criptografado como parte de sua funcionalidade básica.
Movimentação de dados (por exemplo, cópia de arquivo) não é. Assim como o movimento de dados na web não é, a menos que seja especificamente (ssl). Assim como o ftp não é a menos que seja especificamente (sftp). Assim como o telnet não é, a menos que seja especificamente (ssh).
Ergo, o trabalho da NSA é bastante fácil ... até que a criptografia de 2048 bits seja o transporte assumido (em oposição ao transporte 'implementar com esforço', como configurar o ipsec etc.)