Quando você instala um pacote, muitos arquivos podem ser instalados em muitos lugares. Verificar o conteúdo do pacote eclipse para Oneiric no link mostra que (indiretamente) depende do pacote eclipse-platform e a lista de arquivos para esse pacote mostra-me que instala muitos arquivos em /usr/lib/eclipse e um executável (ou link) em /usr/bin .
Você não precisa copiar pastas ou arquivos após instalar este pacote; Não é uma boa idéia fazer isso, porque o sistema de gerenciamento de pacotes não pode controlar os arquivos (se você desinstalá-lo, o sistema de gerenciamento de pacotes não saberá que você moveu os arquivos manualmente).
(Por que você acha que precisa mover os arquivos manualmente?).