Eu encorajo você a repensar toda a ideia de "reconstrução". Não há nada no domínio atual do AD que não possa ser "corrigido" migrando e limpando-o.
Se você decidir que tem para reconstruí-lo, será necessário fazer uma migração do Exchange para o PST (já que você está executando no Exchange 2003 e não pode fazer uma pesquisa cruzada). movimentação da caixa de correio da floresta).
Basicamente, isso envolve o uso de ExMerge para exportar todo o conteúdo do Armazenamento de Informações do Exchange original para arquivos PST. Depois de criar o novo AD e novas contas de usuário (usando o ADMT ou "manualmente"), você importará esses PSTs de volta para o novo IS do Exchange. Por fim, você precisará usar algo como ADSIEDIT ou um script para adicionar um proxy de endereço X500 a cada conta de usuário que corresponda ao atributo "legacyExchangeDN" atribuído a suas contas de usuário no domínio antigo para garantir que as respostas à função de emails importados corretamente (consulte link para detalhes).
Novamente: repita o processo de "reconstrução" versus migração. Um par de horas com um consultor de AD competente seria tudo o que você precisaria para idenficar os problemas no domínio atual e planejar "consertos" ao atualizar para o W2K8. Você não precisaria passar por nenhuma dessas oscilações com seu e-mail e acabaria gastando menos tempo e dinheiro com uma solução melhor e mais limpa.