Você pode usar:
SET [GLOBAL|SESSION] sql_mode='NO_AUTO_VALUE_ON_ZERO'
Que, conforme descrito aqui , impedirá que o MySQL interpretando um ID INSERT / UPDATE de 0 como sendo o próximo ID de sequência. Esse comportamento será limitado a NULL.
É o que eu considero um comportamento muito ruim do aplicativo. Você terá que ter muito cuidado para usar de forma consistente, especialmente se você optar por implementar a replicação em uma data posterior.