Você precisará instalá-lo com uma cópia corrigida do SP2 que acaba de ser lançado & fornece suporte para R2:
Q: Will Windows Server 2008 SP2 and WIndows Server 2008 R2 be supported? A: Yes, they will be supported on their release
Se você está apenas usando o WSS, há um link no artigo de blog para um download de versões do Slipstreamed. Se você estiver usando o MOSS, você precisará criar o slipstream porque:
Q: Will there be a MOSS slipstream build? A: So far there is no plan to create a MOSS slipstream build. Customers can refer to the slipstream guide on TechNet mentioned earlier in the blog to create their own build based on their needs.
Um guia da Microsoft para criar o slipstream para o MOSS é aqui .
Outro guia sobre como criar uma imagem / instalação de slipstream é aqui .
Editar: adicionados mais detalhes sobre as versões de slipstream e MOSS / WSS.