você pode enviar um sinal de terminação para o documento de qualquer unix. você pode usar ps para encontrar o PID do mongoDB.
veja o seguinte:
Enviando um sinal INT ou TERM do Unix
Você pode simplesmente interromper o mongod usando um sinal SIGINT ou SIGTERM em sistemas do tipo Unix. Ou ^ C, "kill -2 PID", ou kill -15 PID irá funcionar. Enviar um sinal kill KILL -9 provavelmente causará danos se o mongod não estiver sendo executado com a opção --journal. (Nesse cenário, execute o comando repairDatabase.)
Após uma falha grave, quando não estiver usando o --journal, o MongoDB dirá que ele não foi encerrado corretamente e pedirá que você faça um reparo no banco de dados.
como alternativa, você pode instalar o tcl e usar o script expect para enviar o comando ao shell mongoDB (ou qualquer outro programa interativo, na verdade).