Tente este snippet, supondo que tudo o que você tem no diretório atual são arquivos (sem diretórios):
for file in *
do
mv "$file" "$file".tmp &&
mkdir "$file" &&
mv "$file".tmp "$file"/"$file"
done
Caso contrário (testado apenas levemente):
find . -maxdepth 1 -type f -exec mv '{}' '{}'.tmp \; -exec mkdir '{}' \; -exec mv '{}'.tmp '{}'/'{}' \;
Isso funcionou no meu diretório de teste com alguns arquivos arbitrariamente nomeados, alguns deles com espaços.