Se você desativar uma tarefa enquanto estiver em execução, ela não interromperá a execução atual, e o processo atual continuará a ser executado até que seja concluído.
Apenas todas as próximas execuções agendadas serão desativadas.
Se você executar uma tarefa manualmente e não quiser que ela inicie novamente automaticamente enquanto a execução manual ainda estiver em processamento, você poderá configurar a tarefa para aplicar a regra "não iniciar uma nova instância se a tarefa já estiver em execução" (no entanto, esta é a configuração padrão quando você cria uma nova tarefa).