Incase qualquer um está procurando uma solução, acabei usando o PHP SDK da Amazon. Ele permite filtrar os resultados por vários critérios diferentes. Eu simplesmente fiz uma requisição de instância, filtrando por um grupo de segurança específico (onde security-group-name é aquele que você quer procurar!)
// Get the response from a call to the DescribeInstances operation.
$response = $ec2->describe_instances(array('Filter' => array(array('Name' => 'group-name
', 'Value' => 'security-group-name'))));