Não, não é problemático - o processo de exclusão demora muito, pois você tem 1,3 milhão de arquivos e 31.500 diretórios que está eliminando. Isso é um pouco, e mesmo em hardware de ponta vai demorar algum tempo. (Eu esperaria que fosse menos 15+ minutos no Windows)
Para apagar metade, ou um pedaço parcial dos arquivos é um pouco mais complicado porque você (eu / eu) não sabe como os arquivos são distribuídos.