Você pode configurar um formato de log personalizado para o log de acesso que incluirá essas informações.
Ajuste suas diretivas de registro existentes conforme necessário, mas você precisará de algo assim:
LogFormat "%{Host}i %h %l %u %t \"%r\" %>s %b \"%{Referer}i\" \"%{User-agent}i\"" combined_with_access_host
CustomLog /var/log/wherever-you-put-it/access_log combined_with_access_host
Isso gravará o cabeçalho HTTP Host
recebido no início da linha - e se estiver em branco, a linha começará com um espaço.