Isso é causado pela configuração delegada. No IIS7 +, as configurações podem ser gravadas no web.config (e fazem por padrão). Tocar web.config causa uma reciclagem de appdomain.
Você tem algumas soluções. Uma é transformar a configuração delegada, mas isso vem com considerações, como garantir que você ainda não tenha configurações em seus arquivos web.config, o que causará a quebra dos sites.
Outra opção é usar o Editor de Configuração ou um editor de texto para aplicar suas configurações ao applicationHost.config em vez de web.config.
Para ver mais informações, assista à semana 17 da minha série de vídeos no IIS.