Por que vale a pena, minha situação era semelhante. Eu estou usando o Ubuntu 11.10 e a última versão do Thunderbird. Estou atualizado com o Ubuntu: isso significa que o apt-get está funcionando através do nosso servidor proxy. Navegação básica na web com o Mozilla Firefox está funcionando através do nosso proxy. Eu postei minha resposta no fórum do Thunderbird para compartilhar o que eu fiz, mas, basicamente, depois de autenticar em nosso servidor proxy com o navegador da web, eu me conectei ao Thunderbird SEM PROXY SETTINGS. Muito estranho. Mas funcionou. Aqui está o meu post completo:
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Espero que isso ajude,
-Mike -