Com os repositórios que gerencio, o próprio conteúdo do repositório é de propriedade do apache: apache. Tentar fazer algo como root
sem usar sudo -u apache
geralmente cria essa situação para mim. Um bom chown -R apache.apache {repo root}
geralmente consertará, como você indicou.
Meu palpite é que você executou alguma função através do sistema de arquivos como alguém diferente de root.