Você só tem algumas opções realmente boas. Você está correto sobre o SMB / CIFS na WAN, não é o mais eficiente. O principal benefício de ir com o SMB / CIFS é evitar uma arquitetura cliente / servidor regular. A desvantagem de ter uma arquitetura descentralizada é a ineficiência, que se torna mais perceptível quanto mais nós conectados. Se você exigir uma configuração descentralizada em WAN / LAN, o SMB / CIFS seria o único caminho a ser seguido. Além disso, o SMB / CIFS na WAN não é recomendado para questões de segurança.
Eu preferiria o NFS em uma rede LAN Linux, principalmente, principalmente em uma situação que esteja sempre conectada, como o diretório home compartilhado. NFS sobre WAN é desagradável em relação a firewalls. Isso pode ser feito e eu fiz isso, mas é mais do que apenas abrir uma porta. O NFS é realmente uma ótima opção quando você quer uma configuração do tipo NAS.
Se você está bem com um modelo cliente / servidor, eu recomendo WebDAV. Você recebe automaticamente suporte para leitura (navegador HTTP normal), firewall fácil com apenas uma porta (80 e / ou 443) e desempenho sólido.
O FTP tem suas vantagens, mas na WAN você deseja um FTP com SSL explícito. O FTPeS é mais novo, nem todos os clientes FTP o suportam. Clientes modernos irão gostar de uma nova cópia do filezilla. Mas, mais uma vez, o firewall é mais do que simplesmente abrir uma porta.
Você realmente não pode ficar mais transparente do que HTTP IMO. É também o que eu faço para minha WAN / LAN, eu até prefiro apenas por minhas transferências regulares de LAN.