A maioria dos processos nas máquinas convidadas estará em estado de suspensão quase o tempo todo. Você pode verificar quantos processos duram com o comando ps. Nos hipervisores modernos, as páginas de memória duplicadas são compartilhadas entre máquinas virtuais com uma técnica chamada KSM no Linux. VMware tem a mesma coisa. Não tenho certeza sobre o Hyper-V nos dias de hoje.
Em suma, a virtualização tem sobrecarga, mas não tanto quanto você pensa.