Eu encontrei um script perl aqui link
Isso deve fazer o que você precisa.
Você provavelmente poderia implementar isso com um script de shell simples que analise o tempo de atividade, e sendo apenas a execução uma vez que a média da carga baixou para um determinado valor.
Tenha em atenção que, se o seu servidor estiver constantemente ocupado, com um processo de fuga, o seu cronjobs nunca será executado!.
Talvez uma idéia melhor, se você tiver memória, é executar tarefas do cron em um sistema operacional menor prioridade, assim eles só consumirão recursos excedentes.