Robocopy é o caminho a percorrer. Baixe aqui:
/? bandeira lhe dará todas as opções. Eu usei-o para migrar dados para um novo hardware e funciona muito bem.
Editar para adicionar:
Encontrei meu ticket com a sintaxe
robocopy E: \ Arquivos F: \ Arquivos / e / copyall
/ e = copia diretórios vazios / copyall = copia todos os dados NTFS, atributos, registros de data e hora, ACLs, proprietário e & informações de auditoria