Uma maneira mais segura de excluir os e-mails é usar um cliente de e-mail e excluir todas as mensagens.
Se você está no debian / ubuntu, você pode facilmente instalar o "bsd-mailx".
com mailx você pode deletar as mensagens como segue (como root):
# bsd-mailx
...
& d *
& q
O comman d *
exclui todas as mensagens e q
salva a caixa de correio e sai do mailx. Você também pode excluir mensagens individuais. Veja o manual do mailx.
Existem muitos outros clientes de correio de linha de comando, que podem ser usados.