A desduplicação é implementada como um driver de filtro sobre o NTFS (e agora o ReFS) e deve funcionar de maneira transparente. Você sempre pode desativá-lo para alguns conjuntos de arquivos específicos, se isso causar problemas.
Para obter o status de deduplicação, fique com o cmdlet Get-DedupeStatus. Veja:
Existe uma maneira de visualizar o que está lá. Veja:
Você pode excluir arquivos específicos de tarefas de deduplicação. Veja:
ExcludeFileType é o que você deve analisar.
ExcludeFileType Tipos de arquivos excluídos da otimização Matriz de extensões de arquivo Alguns tipos de arquivos, especialmente multimídia ou arquivos já compactados, não se beneficiam muito com a otimização. Esta configuração permite configurar quais tipos são excluídos.