Mudar (aumentar) nmbclusters é seguro - você deve ser capaz de fazer isso sem efeitos adversos.
Observe, no entanto, que você também deve fazer as alterações apropriadas em /boot/loader.conf para que a alteração persista nas reinicializações.
Observe também que o kernel que você está usando pode não permitir que você altere este valor em tempo de execução: Versões mais antigas do FreeBSD requerem que você defina o valor em /boot/loader.conf (e versões antigas requerem que o valor seja compilado no kernel ).
Se o comando sysctl não funcionar, você terá que editar /boot/loader.conf e reinicializar para fazer essa alteração.