O conselho de Evan é sólido, então eu o seguiria primeiro. Se você não conseguir qualquer tração, há algo que você deve saber sobre o Windows Server 2003: ele tem um sério bug de condição / bloqueio de corrida em rdbss.sys ao executar alguns tipos de atividades em um compartilhamento de arquivos.
Os sintomas e as circunstâncias podem variar e podem até bloquear o servidor do Windows 2003 se a contenção do arquivo for pesada o suficiente. Eu não tenho certeza porque não se manifesta com mais freqüência, mas eu definitivamente bati duro fazendo algo semelhante. Também esteja ciente de que, mesmo com um mecanismo de bloqueio independente, pode haver outros processos acessando esses arquivos, como antivírus.
Aqui estão os artigos do kb. Não se distraia com os títulos irrelevantes.
link
link
Para ter uma ideia melhor do que realmente está ocorrendo, você precisará executar uma captura de pacote de rede no servidor 2003 quando isso ocorrer. Os analisadores NetMon para SMB são realmente muito bons e geralmente é possível identificar um problema de contenção de bloqueio.