O Nagios executa comandos externos sem qualquer ENV. Para simular isso, você pode tentar executar seu teste manual via "env -i". Você parece já saber disso, porque você está definindo explicitamente PATH e HOME. Você deve tentar evitar isso, e apenas usar caminhos completos em qualquer script / comando / etc.
Você também pode precisar escapar de alguns dos caracteres não-alfanuméricos em sua linha de comando, porque o shell pode comê-los. Para testar isso, você pode ativar a saída de depuração em nagios.cfg (consulte 'debug_level' link ) ou altere o comando para "echo ... > /tmp/whatisnagiosrunning.txt" ou similar.